烧树会不可逆中断多条关键支线，核心受影响的有金面具与柯林、食粪者、死眠少女菲雅、涅斐丽·卢及火山官邸支线，同时部分支线会跳过关键节点导致奖励或结局缺失。
烧树最致命的影响是金面具与祷告师柯林的支线，该支线关乎完美律法结局。烧树后王城变为灰烬王城，柯林会直接死亡，金面具也会在王城身亡，若未在烧树前将两人剧情推进至亚坛高原断桥碰面、拿到金面具的修复卢恩，这条支线将彻底断裂，无法解锁对应结局。操作上需在击败火焰巨人前，先在亚坛高原找到柯林，再前往断桥引导他与金面具汇合，完成对话后再推进主线。
食粪者与死眠少女菲雅的结局支线同样受重创。食粪者支线需收集5个温床诅咒，烧树后王城区域封锁，无法获取关键温床诅咒，且食粪者会消失，无法推进至最终交付诅咒的步骤，错失诅咒修复卢恩与相关结局。菲雅支线在烧树后会强制中断，即使能在深根底层找到她，也无法触发后续死眠结局的关键对话，只能拿到基础奖励，无法完成完整剧情线。
涅斐丽·卢、火山官邸及部分NPC支线会出现节点跳过或奖励缺失。涅斐丽支线若未在烧树前完成圆桌大厅对话、获取风暴鹰骨灰，烧树后她会离开圆桌，后续无法触发王城剧情与奖励。火山官邸的刺杀任务线烧树后会直接锁定最终阶段，未完成的刺杀委托无法继续，贝纳尔支线若未击杀他，将无法获得传说武器吞世权杖。战士壶亚历山大、盲眼少女海妲的支线虽不会完全中断，但部分剧情对话会消失，无法拿到全部道具奖励。
烧树前需完成系统性清查避免损失。优先推进所有王城、亚坛高原相关支线，完成金面具、柯林、食粪者、菲雅的关键步骤；提前收集温床诅咒、圣树秘密符节等关键道具；完成火山官邸所有刺杀委托并击杀贝纳尔；在圆桌大厅触发涅斐丽的全部对话，拿到风暴鹰骨灰。
