获得可反复运输物资的船，关键不是单独购买，而是先解锁对应州府，再修复该州府大地图上的码头；码头修复完成后，会直接获得1艘基础运输船。船只属于码头的可用运力，不能在商店中单独购买，也不是靠抽卡获得。需要注意，驿站探险里的“修船”主要用于推进剧情、解锁新州府，不等于已经拥有跨城运输船。以解锁苏州为例，应先进入应天府驿站，完成“应天城郊”相关探险任务，再从大地图进入苏州府，寻找城内废弃码头进行修复。
修复码头是获得第一艘船的唯一核心步骤，操作顺序为进入目标州府，点击废弃码头，查看修复条件，安排工人并提交材料，等待建造完成。常见初级码头的修复条件为3名工人、1小时；不同州府的码头可能要求当地特产材料，具体数量以建筑面板显示为准。修复成功后，返回左下角“州府印”，打开“大地图”，点击码头旁标记为“空闲”的船，就能选择目的地和运输内容。新手阶段应优先修复应天府码头，再把菜肴、蔬菜、原木、木板等基础物资运往刚开启的苏州，能够明显缓解苏州人口不足、生产效率低和仓储空缺的问题。
想增加船的数量，应继续升级同一座码头，而不是重复寻找新的船。普通码头升到2级后，可用船通常增加到2艘；以竹码头为例，1级升2级需要4名工人、250铜钱、90份菜肴和230根竹子，建造时间为2小时。升到3级后，可用普通船增加到3艘，并额外解锁1艘建筑运输船，但该阶段需要消耗200补天石。资源紧张的新手只需先保持1级，用一艘船集中运输开荒物资；需要同时搬运居民、物资，或多个州府往返调配时，再优先升到2级。补天石有限的玩家不必急着升3级，只有频繁转移特殊建筑、长期经营多座城市时，建筑运输船才更有价值。
派船时要从大地图点击空闲船，先选目的地，再选择“迁移居民”“运输物资”或“运输建筑”；特殊居民每人通常占用30分钟运输时间，物资则按装载数量计算，建筑运输需要更长时间并只能由建筑运输船完成。船抵达后不能只在大地图上点击船标领取，必须切换到目的地州府，在码头附近点击停泊的运输船完成卸货，物资全部收取后船才会恢复可用。若船只显示忙碌，应先检查是否仍在航行、目的地是否尚未卸货，或其他船正在执行居民和建筑运输任务。普通运输船适合日常补给和人员调动，3级码头额外获得的建筑运输船则应留给限时建筑、特殊建筑或跨城布局调整使用。
