密室逃脱12的宝石分散在全关卡的各个角落，具体位置为第一关初始场景、第二关左侧书柜、第三关武器架旁、第四关过桥后石凳下与左侧木桶边、第五关亭子屋檐、第六关米袋旁木板、第七关挂画角落、第九关火堆旁墙面、第十关石亭内部、第十一关台阶、第十二关水底与木板机关内、第十三关桥面破洞与拱门盒子、第十四关门内台阶，收集全部宝石可解锁隐藏关卡与专属奖励。
第一关宝石直接出现在初始场景的显眼位置，跟随系统指引即可轻松获取，是收集流程的起点。第二关进入室内后，聚焦左侧书柜，查看最左侧格子的缝隙处，宝石隐藏在书籍后方，需点击书柜边缘触发交互才能拿到。第三关宝石藏在武器陈列区，先将木剑按顺序摆上右侧剑架，触发机关后，门侧挂画会露出暗格，宝石就在暗格的机关箱内，需用钩子取出机关箱并解锁。第四关存在两颗宝石，过桥后留意右侧石凳底部，点击石凳边缘将其移开即可发现；另一颗在左侧大木桶的左侧角落，被蒸汽遮挡，需靠近木桶交互才能显现。
第五关宝石位于场景中央亭子的左侧屋檐夹角处，位置偏高，需滑动视角聚焦屋檐边缘，点击屋檐突出部分获取。第六关进入昏暗储物间后，看向左侧米袋右侧的木板墙面，宝石嵌在木板缝隙中，与木质纹理相近，需仔细观察墙面色差才能找到。第七关宝石在室内挂画的右下角区域，与画中景物融合，点击挂画角落的空白处，会触发宝石显现的动画效果。第九关宝石贴在火堆左侧的石墙面上，被火光与烟尘半掩盖，靠近火堆墙面，点击石墙的深色斑块即可收集。
第十关宝石在中央石亭子的内部空间，位于亭子底部的石台角落，需进入亭子内部视角，查看石台边缘才能发现。第十一关宝石落在通往深处的台阶上，具体在第三层台阶的凹陷处，与台阶石质颜色一致，需逐阶点击排查。第十二关有两颗宝石，一颗在中间水域的水底石头上，需点击水面露出水下场景后获取；另一颗在左侧可点开的木板机关内，打开木板后查看左上角区域即可找到。第十三关两颗宝石分别在中间桥面的破洞凹槽内，以及桥上圆形拱门内的盒子右角落，打开拱门盒子时留意角落的凸起部分。第十四关宝石在中间大门内的台阶上，打开门后进入内部场景，台阶的浅色区域即为宝石所在位置。
收集宝石时需注意，部分宝石会与场景道具、机关联动，需先完成前置解谜步骤才能解锁位置，比如第三关需排列木剑、第十二关需打开木板机关，收集过程中要全面探索场景角落，多点击可疑区域，避免遗漏隐藏宝石，集齐所有宝石后就能触发隐藏关卡的入口，体验额外的解谜内容。
