上古卷轴5讲述的是主角身为时间龙神阿卡托什在人间的借宿体,来阻止奥杜因的苏醒,但是阻止任务失败了,阿卡托什回到了龙神殿但是把自己的龙神属性留给了主角,它希望主角可以帮助它再次封印奥杜因,或者打败奥杜因。

奥杜因苏醒是因为它和龙神阿卡托什本来就阴阳两面,奥杜因是阴面,但是这个时候阿卡托什已经没有力量去拯救天际省了,它只能依赖于主角。奥杜因苏醒之后就要决定啃食世界之树,要把世界之树给咬断,然后再把世界变成全都是龙的时代,它在游戏里面的一个设定就是可以恢复死去的龙。因为奥杜因的苏醒,也导致了天际省那些古老而且没有死去的古代龙苏醒,它们都是不认同奥杜因的,但是奥杜因太过强大,龙神又不在场,所以它们只能阻止主角。主角的能力就是可以吸收龙魂然后释放龙吼,这也是因为阿卡托什给予主角打败龙的特性,但是在天际省之前就发生过因为奥杜因苏醒引发的龙灾,古代先人们为了对付奥杜因准备了三个上古卷轴,分别藏匿在世界的三个角落,只有历代的灰胡子知道藏匿地点。

灰胡子只相信具有龙神之力的主角,它们告诉主角三个卷轴的藏匿地点,还教给主角如何正确的使用龙吼,并且还给主角他们的龙神之力。在主角找到三个卷轴的途中会碰到上一任因为害怕奥杜因而逃跑的龙裔,上一任龙裔认为奥杜因是不可打败的,他还要吸取主角的力量,主角在打败奥杜因的时候还要先把他给杀掉。在这个世界毁灭的前提下,天际省还有各个领主之间的战争,主角还要在其中周旋,在这一系列复杂交叉的事件中主角要担负起维护和拯救世界的责任。