迷失岛2的工厂需先完成大门一笔画连线解谜进入，收集灯泡与空间石块，解锁右侧09号房获取鲁特琴，修好左侧机器电线，完成左侧房间红点发射解谜，再交付飞鱼获取关键道具，推进遗迹机关即可完整通关。
抵达工厂前，先在通往工厂的桥上拾取空瓶子与工厂结构图，这是后续解谜的核心线索。工厂大门的机关是一笔画连线谜题，需从起始白点出发，用单条路径点亮所有暗点且不能重复，路线规划时优先走边缘区域，避免中途出现无法覆盖的死角，完成连线后大门自动开启。进入工厂外室，左侧灯具上可拿到灯泡，右侧语言破解器旁获取空间石块，同时记录显示屏与破解器上的八组对应符号，这些符号是后续解锁时光机的关键密码线索。
进入工厂内室，右侧房间的密码锁密码为09，密码来源是桥上的工厂结构图，图中RELIC对应的房间编号为No.09，直接输入即可开门。进入09号房，地上有绿点机关，需参照初始小屋二楼黑板的图案调整绿点位置，匹配成功后打开机关获得鲁特琴。内室中的研究员会提及需要飞鱼进行研究，其身旁的破碎机器缺少电线，后续需用胶布修复，修好后机器可击碎坚硬物品，是获取隐藏道具的重要工具。
退出09号房，前往工厂左侧房间，此处的解谜核心是红点发射规则，每个方格内的红点数量代表可向上下左右发射的格子数，需合理分配每个红点的发射方向，让所有发射光线填满整个面板，成功解谜后进入房间可获得特殊石块。完成工厂内部基础解谜后，需返回码头区域，在船上用鱼饵触发鱼缸机关获取密码，启动甲板喇叭捕获飞鱼，再将飞鱼带回工厂交给研究员，即可换取小刀。小刀可用于剖开船舱内的鲸鱼，获取鱼骨头与矛头，同时修好工厂机器的电线，让机器恢复运作。
工厂深处的遗迹房间需放置特定道具解锁，将鹿角、贝壳、白色羽毛、鱼骨头、红花依次摆放在对应石柱上，地面会出现深坑，放入石饼后获得金色石块。金色石块是推进游戏主线的关键道具，可用于激活神庙机关，解锁蓝色能量块，最终为飞船提供动力。整个工厂流程环环相扣，每一步道具收集与机关解锁都紧密关联，需按顺序完成所有解谜步骤，才能彻底通过工厂区域，推进游戏后续剧情。
