阵容构建的核心在于角色定位的互补性与技能链的完整性。例如宇智波鼬凭借天照的吸附效果和月读的全屏奥义，成为控场核心，而纲手的近战爆发与咒印佐助的空中地面双形态输出，则形成了攻守兼备的三角结构。这种搭配既保证起手压制力，又能通过纲手的击飞与佐助的多段连招实现伤害闭环。对于平民玩家，迪达拉的全屏位移与蝎的铁矿砂控制形成远程消耗体系，搭配猿飞阿斯玛的二刀流突进，可在低资源投入下构建攻防节奏。
进阶玩家需注重阵容的战术纵深与角色成长潜力。尾兽化鸣人与奇拉比的组合不仅具备高额爆发，其霸体状态可充当团队承伤支点，配合小樱的战场治疗形成持续作战能力。而佩恩天道的万象天引与小南的纸化术式联动，可对敌方走位形成强干扰，鬼鲛的大范围水遁则进一步压缩对手活动空间。部分忍者存在隐性克制关系，如鼬的天照可破解我爱罗的绝对防御，而纲手的怪力能压制依赖地面技能的忍者。
阵容养成需遵循资源倾斜与版本适配的双重逻辑。新手应优先培养获取门槛低且技能机制简单的角色，如鹿丸的影子操控与井野的心转身之术，这类忍者无需复杂操作即可形成有效控场。中期可围绕核心SSR角色构建体系，例如以宇智波带土的神威为核心，搭配卡卡西的雷切复制形成空间战术网。
